<div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear developers,<div><br></div><div>Hello.</div><div><br></div><div>I am now trying to get a z2-invariant using VASP code but</div><div>I've got some problems in plotting the WCC using the Z2pack.</div><div><div><br></div><div>Firstly, I prepared the converged CHGCAR in advance and</div><div>got WCC using the z2-implemented VASP code.</div><div><br></div><div>The material is Bi bulk structure.</div><div>And this is what I got.</div><div><br></div><div><img src="cid:ii_jrg03amm1" alt="image.png" width="535" height="307" class="gmail-CToWUd gmail-a6T" tabindex="0"><br></div><div><br></div><div><br></div><div>And this is the result provided in z2pack GitHub.</div><div><br></div><div><img src="cid:ii_jrg03gb82" alt="image.png" width="536" height="316" class="gmail-CToWUd gmail-a6T" tabindex="0"><br></div><div><br></div><div>The main problem is where i made <font color="#ff0000">highlight with red circles</font>.</div><div>There are some condensed horizontal points that also middle point of largest gap (blue diamonds) are changed.</div><div>In addition, the points near the two extreme x-axis ends are increased.</div><div>Except for those, other points look very similar with z2pack provided result.</div><div><br></div><div>I've tested few options,</div><div><ul><li style="margin-left:15px">pos_tol<br></li><li style="margin-left:15px">move_tol<br></li><li style="margin-left:15px">gap_tol<br></li><li style="margin-left:15px">num_lines<br></li><li style="margin-left:15px">min_neighbour_dist<br></li></ul></div><div>however, they doesn't remove the condensed horizontal points.</div><div><br></div><div>Are there any ways/solutions that I can make a try?</div><div><br></div><div>------------------------------------------------------------------------------------</div><div>This the "run.py" I have used.</div><div><br></div><div><div>#!/home/woosun/Programs/Python3/bin/python3</div><div>import os</div><div>import matplotlib</div><div>matplotlib.use('Agg')</div><div>import matplotlib.pyplot as plt</div><div>import z2pack</div><div><br></div><div># Creating the System. Note that the SCF charge file does not need to be</div><div># copied, but instead can be referenced in the .files file.</div><div># The k-points input is appended to the .in file</div><div># The command (mpirun ...) will have to be replaced to match your system.</div><div>system = z2pack.fp.System(</div><div>    input_files=["input/CHGCAR", "input/INCAR", "input/POSCAR", "input/POTCAR", "input/wannier90.win" ],</div><div>    kpt_fct=z2pack.fp.kpoint.vasp,</div><div>    kpt_path="KPOINTS",</div><div>    command="mpirun  /home/woosun/Source_codes/vasp544/vasp.5.4.4_for_z2/bin/vasp_ncl > stdout"</div><div>)</div><div><br></div><div>if not os.path.exists('./results'):</div><div>    os.mkdir('./results')</div><div>if not os.path.exists('./plots'):</div><div>    os.mkdir('./plots')</div><div><br></div><div># Running the WCC calculation - standard settings</div><div>result_0 = z2pack.surface.run(</div><div>    system=system,</div><div>    surface=lambda s, t: [0, s / 2, t],</div><div>    save_file = './results/res_0.p',</div><div>    load=True</div><div>)</div><div>result_1 = z2pack.surface.run(</div><div>    system=system,</div><div>    surface=lambda s, t: [0.5, s / 2, t],</div><div>    save_file = './results/res_1.p',</div><div>    load=True</div><div>)</div><div><br></div><div># Plotting WCC evolution</div><div>fig, ax = plt.subplots(1, 2, sharey=True, figsize = (9,5))</div><div><br></div><div>z2pack.plot.wcc(result_0, axis=ax[0])</div><div>z2pack.plot.wcc(result_1, axis=ax[1])</div><div>plt.savefig('plots/plot.pdf', bbox_inches = 'tight')</div><div><br></div><div>print('Z2 topological invariant at kx = 0: {0}'.format(z2pack.invariant.z2(result_0)))</div><div>print('Z2 topological invariant at kx = 0.5: {0}'.format(z2pack.invariant.z2(result_1)))</div></div><div><br></div><div>------------------------------------------------------------------------------------<br></div><div><br></div><div>Thank you so much for reading the long email.</div><div><br></div><div>I will look forward to having your reply. :)</div><div><br></div><div>Sincerely,</div><div>Jiwoo Lee.</div></div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;padding:0px;margin:0px;border:0px;line-height:17.3333320617676px"><span style="line-height:normal"><font size="2"><b>JIWOO LEE</b></font></span><span style="font-size:14px;font-family:Gulim;line-height:normal"> | </span><span style="font-size:10pt;line-height:normal">Research Associate</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><span style="font-size:10pt">Materials Theory Group | Department of Materials Science & Engineering</span><br><span style="font-size:10pt">연세대학교 신소재공학과 재료 이론 연구실</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:13px"><span style="font-size:10pt">통합과정 이지우</span></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:13px"><br><span style="font-size:10pt"><b>YONSEI UNIVERSITY</b></span><br><span style="font-size:10pt">50 Yonsei-Ro | Seodaemun-Gu | 120-749 | Seoul | KOREA </span><br><span style="font-size:10pt"><b>M</b> +82-10-7282-5106 | <b>E</b> <a href="mailto:jiwoo2231@yonsei.ac.kr" target="_blank">jiwoo2231@yonsei.ac.kr</a> | <b>W</b> </span><a href="http://www.materials-theory.org/" style="color:blue;font-family:굴림;font-size:13.3333px" target="_blank">http://www.materials-theory.org/</a></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:13px">-------------------------------------------------------------------------------------------------------------</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>